Formé principalement par 7 îles majeures Gorgona, Capraia, Elbe, Pianosa, Montecristo, Giglio et Giannutri, depuis 1989, l’ archipel fait partie du « Parc National de l’archipel toscan », une zone protégée pour la flore et la faune du territoire.
Il se trouve a l’intérieur du Sanctuaire des Cétacés « Le Sanctuaire Pelagos » créé pour la protection des mammifères marins en Méditerranée, une zone marine entre le territoire Français, monégasque et italien, classée « Zone de haute protection de l’intérêt méditerranéen ».
